防腐剂在防腐木凉亭的防腐机理上的主要表现在两个方面：机械隔离防腐和毒性防腐。机械隔离防腐，如装饰涂料，将木材暴露的表面保护起来，阻止木材与外界环境因素直接接触，以防止微生物的侵蚀。这种方法是以油漆作为木材防腐剂，但其防腐效能很有限，达不到应有的防腐效能。毒性防腐是靠防腐剂的毒性抑制微生物的生长，或微生物吸收防腐剂而被毒死。现行防腐木凉亭使用的防腐剂多是以毒杀作用来达到防腐目的，因此，人们愈来愈注意到防腐剂与人类生存和生态环境的关系，高效无毒、一剂多效的化学药剂和生物防治将是今后的发展方向。